本系發展方向包含高科技防災及監測、污染防制及復育、綠色工程及材料、系統工程及管理等四大方向，並因應市場趨勢新增「能源永續」、「智慧優化」領域，教學及研究特色著重於實務與學理並重、土木與環境工程相整合、各學群間之相互支援、及尖端技術之研發與傳統技術之更新。本系訓練學生不僅運用最佳技術並有效使用最少之環境資源，開創符合現代民眾需求之高環境品質社會，同時培養學生於土木工程或環境工程領域進入研究所進修及參加國家考試之實力。

本系在發展特色與定位上整合土木與環境工程，朝向培育具備土木與環工專長人才為目標開設基礎課程。其中，在課程整合上，本系採取四個面向的作法：
(1)    不同專長之教師共同授課（如土木與環境工程概論、工程專案實作、再生能源導論、再生能源與設計思考、再生能源進階實作專題等）
(2)    提供具介面整合所需之課程（如地理資訊系統、工程材料等）
(3)    提供土木環工基礎必修課程（如土木實驗、環境分析與實驗等）
(4)    整合概念融入現有專業課程（如專題研究、再生能源進階實作等）