透過課程分流將目前系上課程概分為兩大類：學術型及實務型課程，在學術型課程上，逐步提升系上學生錄取台成清交的研究所比率，也同時強化學生於系上攻讀五年一貫學碩士學位，使系上提升學術研究水平。在實務型課程方面，將強化本系所學生的基礎土木與環工能力，透過業界實習課程與專題研究課程建立學生實務產業的認識。另外本系多門課程係與業界師資共同授課將學術型與實務型課程的適當的加入課程中，加強實務與學術的重要性。